proteobench.modules package

This subpackage contains the proteobench benchmarking modules organized by type of benchmarking type.

Subpackages

• proteobench.modules.denovo package
  • Submodules
    • proteobench.modules.denovo.denovo_DDA_HCD module
      • DDAHCDDeNovoModule
    • proteobench.modules.denovo.denovo_base module
      • DeNovoModule
• proteobench.modules.quant package
  • Submodules
    • proteobench.modules.quant.benchmarking module
      • handle_benchmarking_error()
      • run_benchmarking()
      • run_benchmarking_with_timing()
    • proteobench.modules.quant.quant_base_module module
      • QuantModule
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DDA_Astral module
      • DDAQuantIonAstralModule
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DDA_QExactive module
      • DDAQuantIonModuleQExactive
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_AIF module
      • DIAQuantIonModuleAIF
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_Astral module
      • DIAQuantIonModuleAstral
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_ZenoTOF module
      • DIAQuantIonModuleZenoTOF
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_diaPASEF module
      • DIAQuantIonModulediaPASEF
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_singlecell module
      • DIAQuantIonModulediaSC
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_peptidoform_DDA module
      • DDAQuantPeptidoformModule
    • proteobench.modules.quant.quant_lfq_peptidoform_DIA module
      • DIAQuantPeptidoformModule
• proteobench.modules.rescoring package
  • Submodules
    • proteobench.modules.rescoring.module_rescoring module
      • is_implemented()

Submodules

• proteobench.modules.constants module