proteobench.modules.quant package

Quantification modules in proteobench.

Submodules

• proteobench.modules.quant.benchmarking module
  • handle_benchmarking_error()
  • run_benchmarking()
  • run_benchmarking_with_timing()
• proteobench.modules.quant.quant_base_module module
  • QuantModule
    • QuantModule.EXTRACT_PARAMS_DICT
    • QuantModule.add_current_data_point()
    • QuantModule.benchmarking()
    • QuantModule.check_new_unique_hash()
    • QuantModule.clone_pr()
    • QuantModule.filter_data_point()
    • QuantModule.is_implemented()
    • QuantModule.load_params_file()
    • QuantModule.obtain_all_data_points()
    • QuantModule.write_intermediate_raw()
    • QuantModule.write_json_local_development()
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DDA_Astral module
  • DDAQuantIonAstralModule
    • DDAQuantIonAstralModule.module_id
    • DDAQuantIonAstralModule.precursor_column_name
    • DDAQuantIonAstralModule.benchmarking()
    • DDAQuantIonAstralModule.benchmarking_2()
    • DDAQuantIonAstralModule.is_implemented()
    • DDAQuantIonAstralModule.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DDA_QExactive module
  • DDAQuantIonModuleQExactive
    • DDAQuantIonModuleQExactive.module_id
    • DDAQuantIonModuleQExactive.precursor_column_name
    • DDAQuantIonModuleQExactive.benchmarking()
    • DDAQuantIonModuleQExactive.is_implemented()
    • DDAQuantIonModuleQExactive.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_AIF module
  • DIAQuantIonModuleAIF
    • DIAQuantIonModuleAIF.module_id
    • DIAQuantIonModuleAIF.precursor_column_name
    • DIAQuantIonModuleAIF.benchmarking()
    • DIAQuantIonModuleAIF.is_implemented()
    • DIAQuantIonModuleAIF.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_Astral module
  • DIAQuantIonModuleAstral
    • DIAQuantIonModuleAstral.module_id
    • DIAQuantIonModuleAstral.precursor_column_name
    • DIAQuantIonModuleAstral.benchmarking()
    • DIAQuantIonModuleAstral.is_implemented()
    • DIAQuantIonModuleAstral.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_diaPASEF module
  • DIAQuantIonModulediaPASEF
    • DIAQuantIonModulediaPASEF.module_id
    • DIAQuantIonModulediaPASEF.precursor_column_name
    • DIAQuantIonModulediaPASEF.benchmarking()
    • DIAQuantIonModulediaPASEF.is_implemented()
    • DIAQuantIonModulediaPASEF.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_ion_DIA_singlecell module
  • DIAQuantIonModulediaSC
    • DIAQuantIonModulediaSC.module_id
    • DIAQuantIonModulediaSC.precursor_name
    • DIAQuantIonModulediaSC.benchmarking()
    • DIAQuantIonModulediaSC.is_implemented()
    • DIAQuantIonModulediaSC.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_peptidoform_DDA module
  • DDAQuantPeptidoformModule
    • DDAQuantPeptidoformModule.module_id
    • DDAQuantPeptidoformModule.precursor_column_name
    • DDAQuantPeptidoformModule.benchmarking()
    • DDAQuantPeptidoformModule.is_implemented()
    • DDAQuantPeptidoformModule.module_id
• proteobench.modules.quant.quant_lfq_peptidoform_DIA module
  • DIAQuantPeptidoformModule
    • DIAQuantPeptidoformModule.module_id
    • DIAQuantPeptidoformModule.precursor_column_name
    • DIAQuantPeptidoformModule.benchmarking()
    • DIAQuantPeptidoformModule.is_implemented()
    • DIAQuantPeptidoformModule.module_id